Dos ańos después de que Rojo y sus amigos derrotaran al Team Rocket, Rojo recibe una carta de desafío de Bruno, del Alto Mando. Tras aceptar el reto, desaparece misteriosamente y solo Pika, malherido, logra regresar. Amarillo sale en busca de Rojo con Pika, dispuesto a enfrentarse al Alto Mando.
