Las aventuras de Bone comienzan cuando tres primos (Fone Bone, fan irredento de Moby Dick y con un valor inversamente proporcional a su estatura; Phoney Bone, su avaricia es la causa de muchos de los problemas de los tres primos; y Smiley Bone, empeñado en ver siempre el lado positivo de las cosas) expulsados de Boneville se pierden en un enorme y desconocido desierto. Cada uno por su lado consiguen llegar a un profundo valle boscoso poblado por maravillosas y aterradoras criaturas.
Mientras trata de encontrar a sus primos, Fone Bone se tropezará con una chica hermosa y valiente llamada Thorn, la abuela Ben, un misterioso dragón rojo y las amenazadoras mostrorratas, a las que suele perder su gula por las tartas. Tras diversos incidentes los tres primos se reunirán en la ciudad de Barrel Haven ajenos a la conspiración que se teje en torno a ellos y sin percatarse de que sus aventuras no han hecho más que empezar.