Jules y sus amigos observan atóniros como los pescadoes de Nantes vuelve al puerto con sus barcos cargados de peces verdosos y malolientes, muertos mucho antes de quedar atrapados en las redes. Algo está envenenando la costa, mientras en la ciudad una siniestra organización quiere hacer creer que todo es culpa del progreso.
Los jóvenes aventureros no dudan en zarpar con el capitán nemo a bordo del Nautilos para averiguar la causa del desastre. lo que Caeroline, Huan y Marie no sabes, pero Jules intuye, es que no van a rastrear la superficie del mar, sino a descender a las profundidades, a sus inimaginables maravillas... y amenazas.